临床上由于肛乳头瘤发生的位置不同，临床表现也不尽相同。
① 肛门不适：初起，肛门有坠胀的感觉，有时肛门瘙痒不适，如有炎症，不仅坠胀感明显，还可因刺激而频欲排便。
② 肛乳头脱出：肛乳头长到一定程度，大便时能脱出肛外。开始大便后能自行回缩于肛内，逐渐需用手推方能缩回肛内，甚至长期脱出肛外。
③ 出血和疼痛：遇干硬大便擦伤肛门，可带血、滴血及疼痛。
④ 嵌顿：肥大肛乳头脱出肛门外后，若未及时推回肛内，则会发生嵌顿，嵌顿后，水肿、疼痛均剧烈，行动不便，坐卧不宁，甚至大小便均困难。
⑤肛门镜检查可见齿线处充血水肿。
⑥肛门瘙痒和易潮湿
